本产品是基于PCR的甲基化DNA检测试剂盒(即MSP试剂盒)。它由两个成分组成,一个是亚硫酸氢盐试剂盒,用于将DNA中所有没有甲基化的C转化成U,而甲基化的C不变。二是优化的PCR试剂盒,利用客户自备的专一性引物,根据PCR来检测甲基化位点的位置。本产品的特点如下:
1. 本产品是亚硫酸盐修饰试剂盒和即用型PCR 3.0的整合,即开即用,非常方便。
2. 柱式DNA回收方法极大提高亚硫酸盐修饰后DNA的回收率。
3. 优化的PCR mix,含有PCR所需要的所有成分,减少了操作误差。
4. PCR结束后可以直接上样电泳,非常方便。
5. 用户需要自备MSP专一性引物。
常温运输和保存(PCR MagicMix 3.0要低温运输,-20℃保存),有效期一年。
使用方法:
(一)亚硫酸氢盐修饰
一:准备试剂
1. 配制溶液B成分一溶液:加5.0 mL 超纯水和27 uL溶液A到装有溶液B成分一干粉的棕色塑料瓶中,轻柔摇晃至溶(尽量少的剧烈摇晃,约需要5分钟),总体积约5.5 mL。
2. 配制溶液B成分二溶液:加10mL超纯水到装有溶液B成分二干粉的棕色塑料瓶中,轻柔摇晃混匀(尽量少的剧烈摇晃)。
3. 配制溶液B工作液:将55 uL 溶液B成分二溶液加入到溶液B成分一溶液中,轻柔颠倒混匀即可使用。一瓶溶液B工作液可以用10次。
二:DNA变性处理
1. 将5 uL 溶液A加入到45 uL DNA溶液中并吹打混匀(总体积没有45 uL需要用水补足到45 uL,DNA总量在0.2-5 ug之间,不能超过 5 ug,一般使用2 ug DNA即可)。 注意:DNA必须是线状的,长度在20-50 Kb左右。基因组DNA可以预先用酶切处理(酶的位点不得在研究的DNA序列之内),也可以用机械打断法处理(得到的DNA一般在20-50 Kb左右)。
2. 37℃放置15分钟使DNA充分变性。
3. 立即在DNA溶液中加入500 uL溶液B工作液,轻柔颠倒混匀。
4. 55℃避光保温8-16小时。如果使用水浴或没有热盖的PCR仪器保温,加50-100uL石蜡油,避免水分蒸发。
注意:必须避光保温。55℃处理8小时足以使95%的C变成U,保温时间过长会引起DNA的断裂。如果有的区域的C难以转化成U,可以改用两步式PCR处理(每55℃保温3小时后95℃变性处理5分钟,共5-10个循环),效果会更佳。
5. 冰浴10分钟。
6. 加入1 mL的通用溶胶液,颠倒混匀后取一半溶液上柱。单链DNA会结合在离心吸附柱上,亚硫酸氢盐等将穿透过柱。
7. 12,000 rpm室温离心半分钟,弃穿透液。
8. 取另一半溶液再上柱,12,000 rpm室温离心半分钟,弃穿透液。单链DNA会结合在离心吸附柱上,亚硫酸氢盐等将穿透过柱。
9. 加入0.7 mL通用洗柱液,12,000 rpm室温离心半分钟,弃穿透液。此步可以洗涤残留的亚硫酸氢盐。
10. 干甩半分钟后,将离心吸附柱转移到一个新的离心管中,加入50 uL新鲜配制的溶液A稀释液(5 uL的溶液A原液与45 uL的超纯水混合而得),室温放置2分钟后离心半分钟。
11. 将洗脱下来的DNA溶液放置在37℃保温15分钟。
12. 加入0.7 mL的通用溶胶液,混匀后上柱。
13.12,000 rpm室温离心半分钟,弃穿透液。单链DNA会结合在离心吸附柱上,杂质等将穿透过柱。
14. 干甩半分钟后,将离心吸附柱转移到一个新的离心管中,加入50 uL DNA洗脱液,室温放置2分钟后离心半分钟。
15. 所得溶液即为亚硫酸氢盐修饰的DNA,可以用于下面的甲基化专一PCR。
说明:此方法的回收率一般为50%,2ug DNA可以得到1 ug的修饰后的DNA。由于修饰后的DNA呈长短不一的单链,EB染色效果很差,所以不能用灵敏度低的琼脂糖电泳-EB染色的方法检测,但可以用灵敏度更高的PAGE-银染方法检测。