尿素-聚丙烯酰胺凝胶电泳(Urea PAGE)是目前分离200 nt以下的小片段RNA,尤其是20 nt左右的microRNA(miRNA)分子的主要方法,但是单独配制各种溶液十分繁琐,为此我们公司开发了本产品。它具有下列特点:
1. 一站式,含有电泳所需要的所有试剂,即开即用,十分方便,免去了实验人员称取有毒物品。
2. 灵活,可以根据需要配制各种浓度的Urea-PAGE,以便对长度各异的RNA进行电泳。
3. 电泳后可直接用于UV观察、银染、胶回收、Northern杂交和放射自显影等。
4. 使用新型缓冲液,可以防止甘油的干扰。
常温运输、4℃保存(miRNAon、miRNA Marker需要-20°C保存)。保存期为一年。
使用方法:
一、准备工作
1. 用固相RNase清除剂清洁工作的台面和器皿(详见该产品的使用手册)。
2. 配制1 X电泳缓冲液
将适量的10X电泳缓冲液用RNase-free水稀释10倍,得到1X电泳缓冲液待用。
3. 配制10%过硫酸铵溶液
称取约100 mg过硫酸铵到一干净的1.5 mL离心管中,按每1 mg过硫酸铵加10 uL RNase-free水的比例加入RNase-free水,摇晃致溶,
立即使用。注意:放置时间不要超过一周。
二、配制凝胶
1. 估计所需要的凝胶溶液的体积,一般配制一块13 cm X 15 cm X 0.8 mm的胶需要15 mL凝胶溶液,配制一块36 cm X 45 cm X 0.8 mm的胶需要120 mL凝胶溶液。
2. 根据所需要的凝胶溶液的体积,在一的干净的三角瓶中按下表加入各成分(此处以配制100mL浓度为15%的凝胶为例)
3. 搅拌并加热到40-50℃左右,直到尿素完全溶解。
4. 冷却到室温后,将三角瓶接上真空系统抽真空处理10-15分钟以充分去除溶液中的氧气(氧气会降低聚合反应效率)。但如果实验条件有限,此步也可以省略。
5. 边摇晃溶液变加入50 uL TEMED和500 uL 10%过硫酸铵。注意:即使选择其他工作浓度的Acrylamide/Bis,TEMED和10%过硫酸铵的用量也不需要随之改变。但如果配置的凝胶溶液的体积变化,TEMED和10%过硫酸铵的用量也要按比例改变。
6. 再充分摇晃约30秒后迅速灌胶,然后插入样品梳。
7. 室温放置30-60分钟使胶凝固。
8. 将凝胶板放置在电泳装置上后,在上下层分别加入适当量的1X电泳缓冲液。如果不马上使用,需要有湿纸将上样孔端盖住以防凝胶过度干燥。
9. 拔出梳子后用加样枪吸取电泳缓冲液,充分将每个加样空中未聚合的Acrylamide/Bis、尿素和气泡吹打出来。
三、电泳
1. 在上样前,预电泳 20-30 分钟以使多余的过硫酸铵跑出加样空,同时还可以使凝胶的温度升高(到 50℃左右),有利于 RNA 电泳时维持在变性状态。预电泳电流见下面第 5 条。
2. 将 miRNA 样品与等体积的 miRNAon 混合,70℃保温 2-3 分钟后迅速放置在冰上冷却,快速离心半分钟,放冰上待用。
3. 关电泳仪后开始上样。注意:每次上样后如果不更换枪头,则需要充分吹打洗净枪头以防样品的交叉污染。
4. 同时上样 miRNA Marker。
5. 重开电泳仪,对 13 cm X15 cm 的胶,以 20-30mA 的电流电泳,直到红色染料移动到凝胶边缘为止;对 36 cm X 45 cm 的胶,则以 50-60mA的电流电泳,直到红色染料移动到凝胶边缘为止。
6. 四、后续处理
1. 染色观察:将凝胶一面的玻璃板揭开,直接用仍然附着在另一玻璃板上的凝胶进行各种染色,包括银染(固定、漂洗、显影和定影等步骤)、EB(每100 mL 1×TBE 中加 20 uL 10mg/mL 的 EB 溶液)、我们公司低毒核酸染料 DNAgreen(每 100 mL 1×TBE 中加 10 uL DNAgreen 原液)。
UV 下观察并拍照。
2. miRNA 回收:按上法用 EB 等染料染色后,UV 下确定所需要的 miRNA条带的位置,切胶后进行胶回收处理。
3. Northern 杂交:按上法用 EB 等染料染色后,UV 下确定所需要的miRNA条带的位置,切胶后电转移到带正电的尼龙膜上,然后进行杂交处理。
4. 放射自显影:如果 miRNA 样品电泳前经过同位素标记,则将凝胶一面的玻璃板揭开,用滤纸将附着在另一玻璃板上的凝胶吸附过来,然后包上保鲜膜,真空抽干,然后使胶跟 X 光片向对置进行放射自显影。